Die Agora war in Klassischer Zeit nicht nach einem Gesamtkonzept gebaut. Die Rekonstruktion wirft Probleme auf, da die Agora mehrfach aus- und umgebaut wurde.

Die ersten Staatsbauten wurden unter Peisistratos errichtet: der Verwaltungssitz für den Rat und die Beamten (in der Gegend des späteren Metroion), der Altar der Zwölf Götter, er war Ausgangspunkt des attischen Straßennetzes, das Brunnenhaus für die Kallirhoe-Quelle. Nach der Zerstörung Athens 480 v.Chr. wurde die Agora mit einem neuen Entwässerungssystem versehen. Die meisten Kult- und Verwaltungsbauten entstanden zwischen 460 und 400 v.Chr. an der West- und Südseite der Agora: Stoa des Zeus, hier führte Sokrates häufig seine Gespräche; Metroion, ehemals Sitz des Rates, ein Tempel zu Ehren der Göttermutter mit dem Staatsarchiv; Bouleuterion, Tholos, Sitz der Prytanen; Strategeion, Versammlungsort der Strategen; neben dem größten Brunnenhaus an der SW-Ecke der Agora  die Tagungsstätte der Heliaia sowie die Süd-Stoa, die die Agora gegen den Areopag-Hügel abschloss.

Im Norden wurde die Agora von der um 460 erbauten Stoa poikile mit Gemälden berühmter Künstler zur Geschichte Athens sowie der Hermes-Stoa abgeschlossen. Im NW der Agora an der Panathenäenstraße in Richtung Dipylon-Tor schloß sich der Keramaikos an, das alte Zentrum der Keramik- und Ziegelproduktion, in dessen äußerem Bereich der Hauptfriedhof Athens lag. Hier hielt Perikles seine Leichenrede für die Gefallenen des Peloponnesischen Krieges.

Der Hephaistostempel auf dem Markthügel aus dem 5. Jh. ist der best erhaltenste Tempel Athens. An der Ostseite der Agora entstand in der 2. Hälfte des 4. Jahrhunderts ein großes Peristyl-Haus, an dessen Stelle im 2. Jh. die Attalos-Stoa errichtet wurde, die nach dem Zweiten Weltkrieg wiederhergestellt wurde. Damals erhielt die Agora ein typisch hellenistisches Aussehen mit möglichst durchgehenden Säulenhallenfronten.

(zit. nach Udo Margedant, Die attische Demokratie, Frankfurt 1981, S. 43)